本校於民國五十七年九月創立。

翌年八月復奉命成立南門國民小學，由中學校長兼理並命名為「台北市立南門國民中小學」。民國七十八年八月一日復奉令將中小學分開設校迄今。

本校位於廣州街六號，日據時代原為城南小學日本子弟就讀，光復後改設台灣省警察學校。佔地九千六百餘坪，頗為寬廣，自五十七年至六十九年間，舊舍先後拆除，分期重建忠孝、仁愛、信義、和平及達德、琴韻六棟大樓暨活動中心，計教室一百四十間。

班級建制普通班四十五班，特殊班現有音樂班三班、體育班三班、集中式特教班兩班、分散式資源班一班、學困班一班，共計五十五班。學生一千三百九十九人、教職員工一百五十三人。 校舍使用有普通教室六十二間，其他分別為視聽、理化、生物、音樂、電腦教室、合奏、家政、童軍、生活科技、美術、輔導活動等特別教室及行政辦公室、領域研究室、會議室、圖書閱覽室。另有綜合運動場、學生活動中心、游泳池、網球場各一處（所）。

校園緊臨植物園北側，遠避塵囂。且鄰近林業試驗所、國立歷史博物館、科學館、藝術教育館、教育資料館、中正紀念堂、國家音樂戲劇兩廳院、國家圖書館、中央氣象局等教育資源機構，可謂得天獨厚。校園內綠樹成蔭、碧草如茵，環境優美，景色宜人，加以設備充實，良師薈蔚，校風樸實進取，實為青少年理想的求學園地。

本校秉持實施國民教育之神聖使命，對學生的教育一向重視五育均衡發展。倡導勤學風氣，重視生活品德陶冶、體育、團隊訓練、音樂、美術素養、童軍、服務活動推廣，以及學生身心健康之照顧。因此，舉凡學生升學進路、排球、游泳、籃球、田徑代表隊的培訓，音樂資賦優異生的培育，特殊教育及技藝教育的推展等等，皆有特殊表現，成效斐然。近年來為倡導多元智慧教育及落實教育生活化之理念，特別推展「培育有特色之南門好少年之證照認證活動」，以此為教育願景，希望學生個個成為品學兼優，術德俱備的好少年。

• 本校創校首任校長為于維魯先生 (57.9~64.8)
• 第二任校長為賴晚鐘先生 (64.8~70.2)
• 第三任校長為錢星橋先生 (70.2~78.2)
• 第四任校長為陳登瑞先生 (78.2~80.8)
• 第五任校長為王正哲先生 (80.8~85.8)
• 第六任校長為洪富雄先生 (85.8~93.8)
• 第七任校長為韓桂英女士 (93.8~99.8)
• 第八任校長為李珀玲女士 (99.8~103.8)
• 第九任校長為曾文龍先生 (103.8~107.8)
• 現任校長為王福從先生 (107.8~迄今)

在歷任校長和全體教職員工同仁努力下，學校用踏實穩健的作風，默默地耕耘，以期培育出國家高品質，有智慧、盡本分、愛鄉土、愛國家並胸懷世界的優秀國民。

南門校歌
• 巍巍黌舍　良師薈蔚
• 春風化雨　期我成才
• 德智體群美　五育並進　允文允武國之精英
• 教澤海深　吾愛吾師

• 漫漫晨昏　益友歡聚
• 切磋琢磨　共勉今朝
• 敦品勵學　鍛鍊體魄　互敬互愛　情同手足
• 雲誼如山　吾愛吾校