本校於民國五十七年九月創立。

翌年八月復奉命成立南門國民小學，由中學校長兼理並命名為「台北市立南門國民中小學」。民國七十八年八月一日復奉令將中小學分開設校迄今。

本校位於廣州街六號，日據時代原為城南小學日本子弟就讀，光復後改設台灣省警察學校。佔地九千六百餘坪，頗為寬廣，自五十七年至六十九年間，舊舍先後拆除，分期重建忠孝、仁愛、信義、和平及達德、琴韻六棟大樓暨活動中心，計教室一百四十間。

114學年度班級建制普通班四十四班、音樂班三班、體育班三班、集中式特教班兩班、分散式資源班兩班、學困班一班，共計五十四班，學生一千五百一十三人、教職員工一百六十四人。校舍使用有普通教室五十間，其他分別為視聽、實驗室、健教、音樂、電腦、合奏、家政、烹飪、童軍、生活科技、美術、表演藝術、輔導活動、知動教室、彈性等專科教室及行政辦公室、親師交流空間、會議室、圖書館。另有綜合運動場、學生活動中心、游泳池、半戶外風雨操場各一處。108年2月完成中央教學廣播暨班級86吋智慧電視系統，為臺北市國中之首創，同年4月成立南門自造教育及科技中心，112學年度奉核定為雙語教育學校，113學年度分別榮獲全國交通安全教育特優「金安獎」及臺美生態學校最高榮譽「綠旗認證」。

校園緊臨植物園北側，遠避塵囂。且鄰近林業試驗所、國立歷史博物館、科學館、藝術教育館、教育資料館、中正紀念堂、國家音樂戲劇兩廳院、國家圖書館、中央氣象局等教育資源機構，可謂得天獨厚。校園內綠樹成蔭、碧草如茵，環境優美，景色宜人，加以設備充實，良師薈蔚，校風樸實進取，實為青少年理想的求學園地。

秉持全人教育的教育使命，以「創藝 健康 多元 關懷」為學校願景，打造一所「面向未來的全球公民學校」，課程發展以「創客~建構智慧校園，擴展數位學習，成就未來人才」、「藝術~豐富人文藝術，儲備鑑賞能力，打造多元明星」、「國際~開闊國際視野，尊重文化價值，關心世界脈動」為三大主軸，發展智慧校園、創客運算思維、國際教育特色課程，並結合「南門好少年證照認證」，藉以培育具創意、溝通、協作、批判思考、品格培養及公民素養（6Cs）能力的學生，成為具有科技力與國際力的終身學習者。

在歷任校長和全體教職員工同仁及家長努力下，學校用踏實穩健的作風，默默地耕耘，教師在各項教學研究及專業發展屢獲各界肯定，而學生在國語文、英語、科學、資訊、體育、音樂、美術競賽及社會服務等，榮譽事蹟更是豐盛成效裴然。藉此畢業紀念冊學校簡史篇幅，感謝以下曾為南門國中付出心力的教育領航者。

• 本校創校首任校長為于維魯先生 (57.9~64.8)
• 第二任校長為賴晚鐘先生 (64.8~70.2)
• 第三任校長為錢星橋先生 (70.2~78.2)
• 第四任校長為陳登瑞先生 (78.2~80.8)
• 第五任校長為王正哲先生 (80.8~85.8)
• 第六任校長為洪富雄先生 (85.8~93.8)
• 第七任校長為韓桂英女士 (93.8~99.8)
• 第八任校長為李珀玲女士 (99.8~103.8)
• 第九任校長為曾文龍先生 (103.8~107.8)
• 第十任校長為王福從先生 (107.8~113.8)
• 現任校長為劉增銘先生 (113.8~迄今)

在歷任校長和全體教職員工同仁努力下，學校用踏實穩健的作風，默默地耕耘，以期培育出國家高品質，有智慧、盡本分、愛鄉土、愛國家並胸懷世界的優秀國民。

南門校歌
• 巍巍黌舍　良師薈蔚
• 春風化雨　期我成才
• 德智體群美　五育並進　允文允武國之精英
• 教澤海深　吾愛吾師

• 漫漫晨昏　益友歡聚
• 切磋琢磨　共勉今朝
• 敦品勵學　鍛鍊體魄　互敬互愛　情同手足
• 雲誼如山　吾愛吾校